服務介紹
Pacific Biosciences – Sequence with Confidence
由太平洋生物科學公司 (Pacific BioSciences，簡稱PacBio) 所開發的single-molecule real-time (SMRT) 定序技術，可執行單分子即時定序。其長讀長與高準確度優勢可應用於基因組 (genomes)、總體基因組 (metagenomes)、轉錄組 (transcriptomes) 與表觀基因組 (epigenomes) 等研究，提供全方位的定序應用。
Learn about PacBio Long-Read Sequencing
PacBio SMRT sequencing 可使用廣泛的樣品來源，在取得核酸 (DNA & RNA) 後即可根據應用實驗項目執行建庫，其特別的啞鈴型結構文庫稱為「SMRTbell Library」，上機時利用隨機擴散 (Diffusion Loading) 方式注入SMRT晶片 (SMRT cell) 的ZMW (Zero-mode waveguides) 孔洞槽中進行定序。在每個ZMW槽中僅執行單一分子定序，有效降低雜訊並且即時收集四色螢光訊號。
Sequel Series Systems支援兩種定序模式：CCS (Circular Consensus Sequencing) Mode 與 CLR (Continuous Long Reads) Sequencing Mode。在CCS模式下，文庫會解開成為環型結構，DNA聚合酶得以不斷繞圈 (Rolling circle) 並且產生高準確度的HiFi Reads (High Fidelity Reads = QV20 CCS Reads)。在CLR模式中，則適合長片段文庫實驗 (≧20 kb insert)，能夠得到足夠長的定序片段 (半數以上的序列可達50kb以上)。
Advantages of SMRT Sequencing
- Long Reads
在CLR模式下，半數以上序列可達50kb以上，單一晶片可達160Gb輸出量；
在CCS模式下，半數以上序列可達19kb以上，單一晶片可達400Gb輸出量。
Long Reads
Data from a 35 kb size-selected E. coli library using the SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 on a Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0, 15-hour movie)
HiFi Reads
A 20 kb size-selected human library using the SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 on a Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0, 30-hour movie)
- High Accuracy
無系統性錯誤，在定序深度約30X Coverage時準確度可達QV50 (99.999%)。
- Uniform Coverage
無鹼基偏好性，即使是GC-rich區域也可跨越，能夠讀取其他技術平台難以跨越的困難區域。
- Single-Molecule Resolution
單分子即時定序，定序過程中無須分子擴增，沒有PCR bias。
- Epigenetics
不須其他實驗處理，可直接偵測鹼基修飾（例：6mA & 4mC）。
Consensus accuracy is a function of coverage and chemistry. The data above are based on a haploid bacterial genome run on the Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0). HiFi accuracy has similar coverage requirements
