PacBio HiFi Reads在17天內成功組裝六倍體的加州紅杉全基因體!!
加州紅杉是世界上最高的植物之一，其基因體為27Gb，六倍體，是個具有巨大且複雜基因體的植物！其基因體大約是人類的9倍！可謂一隻基因體大怪獸！
(點我看詳細報導)
使用其他定序平台的研究團隊花費了一年多的時間才完成組裝，但PacBio從採樣、建庫、定序、生資分析僅花了17天就完成！對！你沒有看錯！就是17天！
根據SMRT定序結果，共獲得了 606 Gb HiFi 數據，而HiFi Reads最密集的長度分布落在20-30 Kb之間！甚至長達50Kb的HiFi Reads的準確度都可以高達QV20 (99%)，而大部分HiFi Reads準確度都接近QV30 (99.9%)呢！這就是可用於高品質基因體組裝的HiFi Reads！
組裝工作使用Hifiasm、64-Core 512 Gb RAM、產生HiFi數據使用了 46,000 CPU hours，基因體組裝僅使用 7,200 CPU hours，也就是說不需要超級強大的服務器，整個分析時間只花了6天，就組裝出非常棒的加州紅杉基因體！總共獲得22X HiFi coverage、Contig N50長達 1.92Mb！無論是實驗流程或生資分析效率皆高出許多！
以前科學家以為組裝需要大量計算資源與時間，但加州紅杉這個實例告訴我們，PacBio可以做到！並且顯示了Pacbio HiFi Reads應用在複雜且巨大基因體的強大優勢！
或許你會對上表PacBio HiFi組裝結果的BUSCO評分只有59%感到疑惑，不是一般較好的組裝結果BUSCO值都要高達90%以上嗎？這是因為裸子植物 (加州紅杉屬於裸子植物) 的BUSCO基因集 (Gene Orthologs) 與被子植物的BUSCO基因集相差很多。這意味著針對加州紅杉使用通用的BUSCO基因集來評估基因組完整性是不準確的，只是目前我們還沒有其它更好的評估方法。
了解更多HiFi Reads的應用
請參閱以下連結：
- HiFi Reads用於四倍體玫瑰組裝實例分享 (Bart Nijland of Genetwister Technologies)
https://www.pacb.com/blog/rose/
- PacBio HiFi Reads: ‘Most Effective Stand-Alone Technology for de Novo Assembly’
https://www.pacb.com/blog/pacbio-hifi-reads-most-effective-stand-alone-technology-for-de-novo-assembly/