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PacBio網路研討會:PacBio HiFi數據的生物信息學解決方案 (中文)

主題:PacBio HiFi數據的生物信息學解決方案 (中文)

日期:2020 年 5 月 22 日 (星期五)

時間:10:00 a.m. – 11:00 a.m.

主辦單位:PacBio APAC team

 

報名連結

https://programs.pacificbiosciences.com/l/1652/2020-05-14/41wlfs

 

最近比較宏基因組 (metagenomics) 定序方法的工作顯示,僅使用 NGS 技術難以全面性得獲得複雜樣本的分類學和功能多樣性。儘管現有短讀長定序技術的低成本可以實現較高的定序深度,但長讀長定序的連續性和較低的 GC 偏倚在尋找基因方面更具有優勢。 Sequel II 系統的引進和 SMRT Sequencing 的改善已實現了一種新的且更高通量的數據類型 — HiFi Reads,該數據類型更適用於宏基因組表徵研究。

HiFi Reads 將高準確度與長達 15 kb 的讀取長度結合在一起,無需組裝大多數微生物組,包括功能基因的發現和代謝途徑重建。 HiFi Reads 的中位讀取長度和準確性超出了現有技術提供的分析質量指標,可以更有效、更經濟地檢測到完整基因和操縱子,同時省去了費力且耗費資源的分析步驟。此外,由於無需組裝,因此不會丟棄任何數據:每條 HiFi Reads 都會大約包括 5-8 個預測基因。最後,HiFi 數據的高準確度也使其與為短讀長定序開發的現有標準基因預測工具相兼容。